Kabupaten ini memiliki 610 pulau. Empat di antaranya, yakni Pulau Misool, Salawati, Batanta dan Waigeo, merupakan pulau-pulau besar. Dari seluruh pulau hanya 35 pulau yang berpenghuni sedangkan pulau lainnya tidak berpenghuni dan sebagian besar belum memiliki nama.
Sebagai daerah kepulauan, satu-satunya transportasi antar pulau dan penunjang kegiatan masyarakat Raja Ampat adalah angkutan laut. Demikian juga untuk menjangkau Waisai, ibu kota kabupaten. Bila menggunakan pesawat udara, lebih dulu menuju Kota Sorong. Setelah itu, dari Sorong perjalanan ke Waisai dilanjutkan dengan transportasi laut. Sarana yang tersedia adalah kapal cepat berkapasitas 10, 15 atau 30 orang. Dengan biaya sekitar Rp. 2 juta, Waisai dapat dijangkau dalam waktu 1,5 hingga 2 jam.
Berdasarkan sejarah, di Kepulauan Raja Ampat terdapat empat kerajaan tradisional, masing-masing adalah kerajaan Waigeo, dengan pusat kekuasaannya di Wewayai, pulau Waigeo; kerajaan Salawati, dengan pusat kekuasaan di Samate, pulau Salawati Utara; kerajaan Sailolof dengan pusat kekuasaan di Sailolof, pulau Salawati Selatan, dan kerajaan Misol, dengan pusat kekuasaan di Lilinta, pulau Misol.
Penguasa Kerajaan Lilinta/Misol (sejak abad ke-16 bawahan kerajaan Bacan):
- Abd al-Majid {1872-1904)
- Jamal ad-Din (1904-1945)
- Bahar ad-Din Dekamboe (1945 - )
- Abd ar-Rahman (1872-1891)
- Hasan (1891/1900-1916)
- Syams ad-Din Tafalas (1916-1953)
- Abd al-Kasim (1873-1890)
- Muhammad Amin (1900-1918)
- Bahar ad-Din Arfan (1918-1935)
- Abu’l-Kasim Arfan (1935-?)
- Gandżun (1900-1918)
Lihat Peta Lebih Besar